單細胞基因組學技術目前正應用得如火如荼，比如單細胞RNA測序（scRNA-seq）和染色質轉座酶可接近性測序（ATAC-seq）。與傳統的大量細胞測序方法相比，單細胞基因組學技術突出了細胞之間的差異，有助于更深入地了解樣本材料。例如，scRNA-seq能夠比較健康和疾病狀態下的轉錄圖譜，而ATAC-seq能夠說明染色質可接近性及其對基因表達的影響。 不過，此類研究都需要對分離的細胞核進行準確計數，因為文庫制備的要求是未裂解細胞的數量且樣本中不含細胞團塊和碎片。此外，許多單細胞基因組學技術都需要完整的細胞核才能正常運行。
細胞計數采用的方法？
臺盼藍染色法
臺盼藍染色是常用的對死活細胞進行分別計數的方法之一，染色原理是臺盼藍不能透過活細胞完整的細胞膜，故活細胞不著色；而死亡細胞的細胞膜損傷，染料透過細胞膜在細胞內富集而使細胞著藍色。不過，臺盼藍染色并不一定能準確分辨有核細胞和細胞碎片，因此它往往低估細胞總數而高估細胞活力。
熒光細胞計數方法
吖啶橙/碘化丙啶（AO/PI）染色原理：活細胞經AO染色發出綠色熒光，而死細胞經PI染色發出紅色熒光。重要的是，對背景復雜的細胞，比如說外周血單個核細胞，含有細胞碎片較多或成簇的細胞計數，避免了細胞碎片的檢測。這種方法近也應用在單細胞基因組學應用上，其中綠色對應了完整細胞，而紅色對應了成功分離的細胞核。這種策略讓研究人員能夠計算未裂解的殘留細胞占總細胞數的百分比，同時對細胞核進行計數，提示樣本質量，幫助研究人員確定是否繼續進行單細胞基因組學流程。
全自動熒光細胞分析儀明場+雙色熒光通道的結合使實驗更加簡單快捷，同時還具備轉染檢測功能，更加拓寬了檢測的寬度。檢測細胞種類更加龐大，不僅適用于單純的培養細胞，對從組織中、骨髓中、外周血、肺泡中、肝臟中分離出的種類和來源差異較大的細胞標本，也可以快速的計數和分析。通過熒光標記技術和圖像分類識別技術對顯微獲取的熒光數字圖像自動進行分析，獲取細胞的死活狀態、凋亡情況以及實現細胞的分類。
技術參數：
1、檢測模式多樣：非染色計數+染色計數+雙色熒光計數+人工校準模式+轉染
2、自動對焦，無需人工干預調焦
3、全自動載物臺：可實現X、Y方向自動運動；符合顯微鏡計數標準，可自動采集4個標準面積區域；
4、像素：1000萬彩色相機；
5、檢測細胞直徑范圍：2-200μm；
6、測量細胞濃度范圍：0.25x104-3×107個/mL；
7、可兼容重復使用標準玻璃計數板；
8、圖像采集：點擊計數鍵，儀器自動拍攝4個區域圖像，自動完成采集、存儲功能、識別、統計、生成報告等；圖像可進行多通道疊加，圖像可調節亮度
9、具備復孔計數模式:可自動獲取同一計數片上兩個樣品槽中的細胞圖像,軟件自動計算平均值,結果更精準
10、模式識別功能：細胞碎片排除分析；成簇細胞的單個細胞計數；不規則細胞計數；提供的數據分析圖表包括但不限于：細胞直徑分析；細胞直徑均值分析；細胞大小直方圖；細胞直徑-亮度散點圖；細胞直徑-亮度等高線圖；生長曲線圖；聚團分布圖；四個區域細胞原始圖；四個區域細胞死活識別標識圖；四個區域拼接圖；提供拼圖看圖工具，所有計數歷史數據均可隨時調出查看及追溯。
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